Филогенетически сложившиеся механизмы составляют готовые предпосылки деятельности и психического отражения. Например, процессы зрительного восприятия как бы записаны в особенностях устройства зрительной системы человека, но только в виртуальной форме – как их возможность. Однако последнее не освобождает психологическое исследование восприятия от проникновения в эти особенности. Дело в том, что мы вообще ничего не можем сказать о восприятии, не апеллируя к этим особенностям. Другой вопрос, делаем ли мы эти морфофизиологические особенности самостоятельным предметом изучения или исследуем их функционирование в структуре действий и операций. Различие в этих подходах тотчас же обнаруживается, как только мы сравниваем данные исследования, скажем, длительности зрительных послеобразов и данные исследования постэкспозиционной интеграции сенсорных зрительных элементов при решении разных перцептивных задач.
Несколько иначе обстоит дело, когда формирование мозговых механизмов происходит в условиях функционального развития. В этих условиях данные механизмы выступают в виде складывающихся, так сказать, на наших глазах новых "подвижных физиологических органов" (А. А. Ухтомский), новых "функциональных систем" (П. К.Анохин).
У человека формирование специфических для него функциональных систем происходит в результате овладения им орудиями (средствами) и операциями. Эти системы представляют собой не что иное, как отложившиеся, овеществленные в мозге внешне-двигательные и умственные – например, логические – операции. Но это не простая их «калька», а скорее их физиологическое иносказание. Для того чтобы это иносказание было прочитано, нужно пользоваться уже другим языком, другими единицами. Такими единицами являются мозговые функции, их ансамбли – функционально-физиологические системы.